Per cobrir aquests objectius bàsics, la Societat Catalana de Filosofia s’organitza en sis seccions, quatre que s’ocupen del recorregut històric de la disciplina (Secció de Filosofia Antiga, Secció de Filosofia Medieval, Secció de Filosofia Moderna i Secció de Filosofia Contemporània), una que treballa qüestions transversals (Secció de Filosofia Pràctica) i una altra que estudia i investiga la producció catalana en el terreny de la filosofia i el pensament (Secció de Filosofia Catalana).
D’altra banda, la Societat Catalana de Filosofia organitza, en col·laboració amb diverses entitats, els Col·loquis de Vic: unes trobades anuals entre especialistes de les humanitats que tracten a fons un tema, el resultat de les quals és una col·lecció d’actes que recullen les aportacions i els debats dels especialistes.
El treball de les seccions, els resultats de les investigacions i les lliçons dels professors que convida la Societat Catalana de Filosofia es publiquen en l’Anuari, iniciat per la primera Junta el 1923 i restablerta la seva publicació el 1989. La Societat també col·labora en l’edició del Journal of Catalan Intellectual History / Revista d’Història de la Filosofia Catalana (amb l’editorial Afers), així com també en monografies en les Publicacions de l’Institut d’Estudis Catalans.
